La Misión tuvo un origen muy sencillo. Nació como una congregación local en el año de 1977. En sus inicios reunía alrededor de 9 personas en una casa de la colonia Santa Lucía en Soyapango. Poco menos de diez años desde su nacimiento, Elim adopta el sistema de reuniones en las casas o células familiares, con las cuales alcanzó un crecimiento importante en su membresía. Actualmente la Misión cuenta, ademas de su sede en Soyapango, San Salvador, con afiliadas en el interior de El Salvador, Estados Unidos, Canadá, Latinoamérica y Europa.